לתוכנית המצטיינים של המכון להיסטוריה מתקבלים תלמידים שסיימו שנה א' בחוגים בעלי זיקה היסטורית בממוצע גבוה (היסטוריה, היסטוריה של עם ישראל ויהדות זמננו, לימודי האסלאם והמזה"ת, לימודי אסיה, לימודים רומאניים ולטינו-אמריקניים, מוסיקולוגיה, תולדות האמנות וארכאולוגיה) ולאחר שעברו ראיון קבלה. התוכנית נמשכת ארבע שנים עד לסיום תואר מוסמך במסלול מחקרי. כל תלמידי התוכנית זוכים במלגה בגובה מחצית שכר הלימוד בכל אחת משנות הלימודים.